La Institución Educativa San Rafael del municipio de Heliconia fue fundada en 1964 por el sacerdote Darío Meneses Vahos con la colaboración de la religiosa Vicentina Sor Sofía Sarmiento, quién era la Madre Superiora de su comunidad en Heliconia. Se dirigen a la Asamblea Departamental y logran por medio de la Ordenanza del 13 de Diciembre de 1964 la creación del “Liceo Femenino”.

Inicialmente se cuenta con dos grados (cuarto y quinto de básica primaria), luego ya el 1966 se empieza con el grado primero de enseñanza media por medio del Decreto 0045. Posteriormente en 1967 previa autorización de la curia, del secretario de Educación y de los padres de familia, el liceo instaura la enseñanza media mixta y se empieza a llamar Colegio San Rafael, nombre dado por el patrono del municipio: Arcángel San Rafael. Durante este período, los profesores trabajan sin remuneración hasta el año 1968, cuando se logra la departamentalización del colegio y la inclusión de éste en el presupuesto, gracias a las gestiones del rector, el sacerdote Darío Meneses..

El 8 de Agosto de 1968 se realiza la visita oficial por parte de supervisores departamentales, quienes revisan libros reglamentarios y hacen sugerencias y peticiones al colegio, con el fin de dar la aprobación oficial al plan de estudios, acto ocurrido por medio de la Resolución No 2786 del 24 de Septiembre de 1968.. En el momento de la acreditación, se contaba con, una población de 114 jóvenes en los grados primero, segundo y tercero de Enseñanza Media. Finalmente se erige el liceo San Rafael mediante la ordenanza 33 del 30 de diciembre de 1968.

Es así como desde 1968 hasta hoy, se cumple con la labor de impartir enseñanza a los niños, niñas y jóvenes de Heliconia. La Resolución 009222 del 21 de Noviembre de 1994 aprueba los estudios correspondientes al Nivel de Educación Básica Secundaria (grados de Sexto a Noveno) y el nivel de Educación Media (grados Décimo y Once) con una modalidad Agropecuaria.

Actualmente, gracias a modificaciones administrativas donde se fusionan algunos establecimientos educativos, se le reconoce el carácter oficial a la Institución Educativa San Rafael a partir del año 2003 y se la autoriza para impartir educación formal, en contexto urbano y rural, en los niveles de Preescolar, Básica Primaria (grados primero, segundo, tercero cuarto y quinto), Educación Secundaria (grados de sexto a noveno) y Educación media (grados decimo y once), bajo una sola administración. Para tal propósito se clausuran y fusionan a la I.E. San Rafael, por medio de la Resolución 0688 del 4 de Febrero de 2003, La Escuela Urbana Cristo Rey (creada mediante Ordenanza 21 del 28 de noviembre de 1959), la Escuela Urbana Corazón De Jesús, Hatillo (creada mediante Decreto 1165 del 1 de Julio de 1980), y el Liceo San Rafael. Y por medio de la resolución S-127216 del 06 de octubre de 2014, se fusionan también el C.E.R. El Llano, corregimiento Llano de San José y el C.E.R. Santa Isabel, vereda Santa Isabel.

Así se constituye entonces, la Institución Educativa San Rafael, ubicada en el municipio de Heliconia, Departamento de Antioquia, como un establecimiento oficial, mixto, calendario A, jornada única diurna, con modalidad académica, propiedad del municipio de Heliconia, y adscrita al Núcleo de Desarrollo Educativo Nº 513,, que funcionará en las plantas físicas de la Institución Educativa San Rafael, a saber: sede principal, sede Cristo Rey, sede Sagrado Corazón, sede El Llano de San José y sede Santa Isabel.